聚丙烯酰胺电泳可以很快地进行，并能容纳较大的蛋白上样量，但与琼脂糖凝胶电泳相比在制备和操作上还是更烦琐些。
3.进行方向：琼脂糖凝胶电泳是水平方向进行的,,聚丙烯酰胺电泳是在恒定电场垂直方位上进行的.
4.分离范围：琼脂糖凝胶电泳较聚丙烯酰胺电泳的分辨率略低，但琼脂糖凝胶电泳的分离范围更广。欢乐彩
5.装载量：聚丙烯酰胺电泳的装载量远大于琼脂糖凝胶电泳，而其分辨率不受到显著影响
